五台山灵境寺位于五台山南台山麓灵境村，距台怀镇二十五里，是五台山十大青庙之一，原名金河寺，始建于北魏孝文帝公元471年。灵境寺周边山灵水秀，处处显现着大自然的灵气，乃大福大圣之地，修行养生的灵境，闭关修行的圣地。
灵境寺位于五台山南台脚下，灵境村就是以灵境寺为名。寺庙坐落于锦绣山川，峰峦叠嶂的山区，泉水终年流淌，周边山上的野生台蘑极珍贵，受益优秀自然环境、土壤、气候的影响，当地农作物品质极佳，在五台山享有盛誉，有佛家素食之王美称的藜麦就生长在这里。灵境寺地处山灵水秀，大福大圣之地，是修行养生的灵境，也是古时佛教农业的兴盛之地，五台山里最重要的农禅农耕区。灵境取名就是仙灵之境的意思，古人认为此地是五台山里难得的殊胜之地，有助于修行、闭关开悟。用现在的说法就是地球磁场和大自然气场不同一般的地方，正能量充沛的养生之地。
灵境寺是五台山十大青庙之一，原名“金河寺”魏文帝（471—499）时大兴土木建成“金河寺”时香火兴旺，高僧云集，《显密圆通成佛心要集》一经出于本寺。此寺开山前，文殊菩萨曾影当地可建庙刹，有诗曰：“南台锦锈智仙山，古木参天花语香，文殊影示告农家，直指十里传妙法。”
公元574年，北周建德三年，周武帝废教，寺庙改作宅第，驱僧还俗，经像焚烧，五台山佛教寺庙一毁而光，本寺也未能幸免。
公元593年隋文帝（开皇十三年）重建寺庙，设斋、度僧，五台山佛寺重新香火兴旺。
此时古南台隐僧结草为庵，自行苦修，感化菩萨，坐禅有智，得悟山脚有灵，下山寻之。在原名“金河寺”遗址，重建寺庙。观辰（日义）东有光，细（日兆）似大佛，阿弥陀佛！天地造化之“仰天大佛”隐僧随即跪拜发愿，集众筹募，扩建重修，寺庙竣工后，改名灵境寺。
公元630年（唐太宗）时，佛教文化进入高潮，取经译经，同时五台山佛教文化也进入一个新的发展阶段，灵境寺僧众渐多，有书坊、经坛。僧人开荒耕种循序有节，僧众发展到200多人，当时灵境寺很有名气，有很多高僧大德慕名而来。
公元820年（唐宪宗；元和15年）日本奈良兴福寺高僧灵仙三藏，从南台入灵境寺，修道传法，受到灵境寺众僧欢迎，两年后灵仙三藏于本寺圆寂，为纪念日本高僧弘法功德，为其建塔一座名；三藏舍利塔，文革期间毁坏，现已修复。
公元1458明顺年间，灵境寺遭遇火劫，僧众散单，所留无几。
公元1465明成化年间，灵境寺重修，规模缩小，把仅存的一座伽蓝殿搁在寺外，到今为止。
公元1833清道光12年，有续隆老和尚化缘重建灵境寺，有正殿（华严三圣），东西偏殿，中殿（千手观音），天王殿，山门，僧舍等（庙内碑记）均为清代建筑。西殿内供有日本送灵仙三藏坐像。
